Вот тут лежит прога, которая перегоняет один контейнер в другой. Разница в том, что матроску вегас не жрет, а эппловский формат с удовольствием.
Насчет качества, допишу как протестирую =)

UPD. СЧАСТЬЕ ЕСТЬ. У владельцев айпадов в особенности! На торрентах постоянно выкладывают только в mkv, и хрен потом найдешь читабельный формат. Советую =)